Por Ley del 4 de junio de 1870, de Colombia, fue creada la Comarca Tulenega. Con la independencia de Panamá en 1903, se desconoció por completo esa Ley, y su territorio se dividió en dos: una parte mayoritaria quedó en la nueva nación panameña, mientras que otra pequeña porción quedó en Colombia. La suspensión de la comarca, las concesiones bananeras y mineras y los abusos de la policía causaron gran descontento en el pueblo Kuna y provocaron la Revolución Kuna de 1925, dirigida por el Nele Kantule y Olonkitipipilele (Simral Colman). El Tratado de Paz posterior estableció el compromiso del Gobierno de Panamá de proteger los usos y costumbres kunas. Los Kunas a su vez, aceptaban el desarrollo del sistema escolar oficial en las islas. La brigada policial sería expulsada del territorio indígena y todos los prisioneros liberados. Las negociaciones que pusieron fin al conflicto armado constituyeron un primer paso para recuperar la cultura que se estaba perdiendo y, establecer una vía hacia una autonomía de hecho en la Comarca Kuna Yala.
La legislación sobre territorios indígenas en Panamá comenzó a ser definida con la legislación de la Comarca Kuna de San Blas, en 1938, y con la definición de sus límites y administración mediante la Ley Nº 16 de 1953. Los Dule se constituyeron así en el primer pueblo indígena que adquirió derechos sobre sus territorios. Desde entonces mantienen cierta autonomía político-administrativa. En 1992 el gobierno colombiano les reconoció 7.500 hectáreas.
La Comarca Madugandí fue creada en 1996 (Ley Nº 24 de 12 de enero de 1996), localizada al Este de la Provincia de Panamá, en el área conocida como Alto Bayano. Madungandi está constituida por 12 comunidades kunas, algunas de las cuales fueron reubicadas por la construcción del Lago Bayano para el funcionamiento de la Represa e Hidroeléctrica en la década del 70'. El 7 de junio de 2000, luego de grandes conversaciones y negociaciones con todas las instancias del Estado Panameño y con los colonos del lugar, la Asamblea Legislativa aprobó la Ley por medio de la cual se crea La Comarca de Wargandí.